Ну не знаю, как на счет ITW, но оптимальным вариантом поиска отсутствующих индексов является мониторинг длительных запросов с выводом в log. Установить у пользователей порог, например, в 3000 мс. А потом анализировать саму логику запроса и то место, откуда он пришел. В больших выборках помогает принудительное управление способом выборки (см.
http://axapta.mazzy.ru/lib/literals_vs_placeholders/)