1) Павел, вы не правы по поводу счет-фактур.
Счет фактура регламентируется НК РФ и появляется только в следующих случаях:
1) Есть налогоплательщик
2) Есть объект налогооблажения.
Счет фактура может быть выписана не только на основании реализации - ex. - при ведении капстроительсва хоз способом организация выписывает на себя счет-фактуру.
При реализации может отсутствовать налогоплательщик ex. - организации, предприниматели, находищиеся на особом режиме налогообложения (налог на вмененный доход, упрощенный режим налогооблажения) не выписывают своим покупателям счет-фактур и осуществляют расчеты без выделения НДСв первичных документах.
Есть случаи, когда покупатель сам на себя выписывает счет-фактуру и платит НДС - аренда фед.имущества.
-------------------------------------------------------------------
Отсутствие счет фактуры у организации-покупателя (например по халатности продавца) лишает его только предьявит суммы уплаченного НДС как вычеты по налогу, впрочем это уже по моему обсуждалась в предыдущих постингах.
-------------------------------------------------------------------
1с конструктор в меньшей степени чем аксапта. Коробочные однопользовательские "1С бухгалтерии базовая поставка" вообще не модифицируются.
Да в любом случае сомневаюсь, что каждая проданная 1с подвергается такой переработке, как MBS Axapta