По поводу накладных расходов - опять же закупать их отдельными закупками-накладными на отдельный счет. И распределять только после проведения нормальных СФ по закупкам.
Хотя, если устроил вариант с учетом накладных расходов просто на счете ГК, то, может, так и оставить - меньше проблем будет при пересчетах склада и разборках "почему такая себестоимость списания"