Похоже, никто не взял на себя смелость намекнуть ребятам из Microsoft, что метод подсчета количества строк в Query, если количество источников данных больше одного "немного" не правильный
.
В Ax2009 они наступили на те же "грабли" в методе SysQuery.countPrim(). На первый взгляд, решение для Ax3.0 приведенное по ссылке выше вполне подходит и для Ax2009.