Для начала нужно поймать "злодея", удаляющего поля:
1. Отследить отсутствие несанкционированных манипуляций с SysConfig
2. Попробовать логировать вызов Application / dbSynchronize
3. Сделать периодическое логирование сессий АХ в связке со SPID, плюс настроить Profiler на операции изменения структуры БД
PS. А что ночью делает Admin в базе ?
Еще можно посмотреть
Журналирование изменений структуры БД и данных