Очень странно. Хочется уточнить не экспортируется определение проекта (состав проекта) или определения самих объектов, входящих в корень проекта, или и то и другое? Как-то никогда не замечал описанного поведения, хотя проекты такой структуры имеются. Неужели просто не обращал внимания...
На какой версии AX обнаружен баг?