Если открываешь связанное окно из интерфейса, то оно открывается в фоне, и надо дополнительно мышкой его оттуда вытаскивать. Причем озвучивал это еще осенью на презентации, обещали исправить, на дворе R2 и уже лето, а проблема осталась.
Надо всего то дописать setFocus на каждом новом открываемом окне, это сложно?