[Likefire]

Как раз занимаюсь этим вопросом в отрыве от MS CRM:
1. Оргструктуру правильно определять по штатному расписанию (штатной расстановке или оргструктуре) базы учета кадровых данных, либо как вариант, если с доступом к кадровым данным всё сложно - из ресурсной базы (в которой, правда, может быть функциональная структура, которая отличается от организационной). Если же вопрос в том, чтобы построить оргструктуру предприятия в принципе, то мой ответ мимо темы.
2. Затрудняюсь ответить в подходящем контексте, но по сути вопроса, единственным документом, который определяет организационную структуру предприятия является штатное расписание.
3. С реализацией сложнее. Хотя, если сама по себе структура не имеет значительного количества уровней иерархии (не больше 2-х), то можно реализовать штатными средствами посредством сущностей "Подразделение" и "Должность".
4. Основная проблема - актуальное состояние, которое нужно поддерживать в связи с возможными изменениями в штатное расписание. Если регламентировать изменение штатного расписания в пределах одного раза в год (такое возможно), то тогда лучше не заморачиваться со средствами интеграции, а достаточно будет нормального интерфейса ручного редактирования, либо формы ручной синхронизации данных.
5. В нашем случае используется симбиоз кадровых данных и данных Active Directory, который выражается в том, что MS CRM хранит объединенные сведения из этих двух источников, которые обновляются по достаточно простой схеме и имеют высокую степень актуальности, а также используются для различных представлений: телефонного справочника организации, справочника сотрудников на портале, источником для различных продвинутых средств рассылки.