Я бы делал настройку - заполнять или нет. С договорами так сделано, потому что договора в модуле нет, есть только аналитика Договор
В целом очень аккуратно надо с выносом справочников на аналитику. Номенклатуру на более менее большом товародвижении я бы совсем не рекомендовал делать - закрытие будет очень медленное.
P.S. если сделаете универсально и выложите проект, сообщество явно вам спасибо скажет