Судя по всему, поведение похоже на то, что в теме:
Пакетные задания - batchConstraint (AX 2012 R2)
правда там немного наоборот - не все закончилось выполняться, а запустилось то, что должно еще ждать, но
Цитата:
расследование показало, что MS SQL некорректно выполняет сформированные в данном методе запросы с exists/notexists join когда они выполняются одновременно с другими запросами на обновление Batch
наводит на размышления. Если это, действительно так, то работа двух пакетных серверов одновременно с методами serverProcessFinishedJobs и serverProcessDependencies в случае, когда exists/notexists частично игнорируют, а частично учитывают транзакцию может привести к тому эффекту, который мы получили.