По порядку, Тимур.
1)
Цитата:
Есть ли это в фунционале или прийдется программировать?
Нет, это придеться программировать
2)
Цитата:
Как осуществить привязку складов по умолчанию к журналу?
Два новых поля, в параметрах (если для всех журналах) или в самом журнале (если для каждого журнала персонально). Или и там, и там.

3)
Цитата:
Как осуществить привязку номенклатур к определенному журналу?
? Хм.. с строки журнала для чего? Нет, я, конечно, понимаю, можно все... но не вижу особого смысла... только если делать предварительный журнал и на основании него потом генерить строки.
4)
Цитата:
выпадал не весь список номенлатур, а только те, которые разрешены для данного журнала
Тип журнала есть... осталось доработать InventTable, где указать, какие для какого журнала разрешены. тоже смысла не вижу

5)
Цитата:
в поля Со склада, На склад попадали значения по умолчанию для этого журнала
см. ответ 2.
6)
Цитата:
3) в поле кол-во был ноль
О! несколькими способами... хм.. в датасорсе InventJournal[имя нужного журнала] на методе InventJournalTrans.initValue
добавьте
InventJournalTrans.Qty = 0;
Удачи!
С Уважением,
Георгий