ИМХО, это два разных вопроса.
Первый: как программно инициализировать пересчет.
Второй: как узнать себестоимость (лота, по набору аналитик и т. п.).
На первый я ответил (вернее указал направление).
На второй, в принципе, можно ответить той же ссылкой
Тем не менее, смотрите класс InventSumDateValue (для себестоимости по аналитикам) и метод InventTrans::calcCostValue() (для себестоимости по лоту).