Спорить и рассуждать по этому поводу можно долго и вдумчиво, но начиная с Ax2012 "правилом" является использование системного поля RecId в качестве суррогатного ключа
Однако в целях упрощения перехода с младших версии все-таки не стали это делать вообще везде, а в старом функционале оставили работу с "естественными" ключами. Подозреваю, что исключительно по причине слишком больших затрат на такую переделку. Но благородно обозвали это "обратной совместимостью"
Соответственно, стоит придерживаться такого же принципа деления. Если Вы делаете расширение существующего функционала, где Primary Key - это естественный ключ, то такой же тип Primary Key сделать у нового функционала. Если это совсем новый функционал, не имеющий аналогов, то использовать суррогатный ключ по RecId
Т.е. все-таки, всегда сначала стоит следовать "правилу", принятому в текущей системе.