Подозреваю что ситуация такая же как и
Тут
Просто при наличии нескольких релейшинов на одном поле проверяется и используется только один.
В переделать приведённый по ссылке пример в следующем виде (при этом тип поля можно вообще поставить стринг, чтоб не смущало, это ни на что не влияет), то увидите, что и выбираться и проверятся будет только ссылка на номенклатуру.
Хотя оба validate=yes.
Всё-таки relation в Аксапте - это далеко не то же самое, что foreign key в RDBMS, к сожалению.