Там все не так просто....
Задача делится на
- учет казначейства, с УИП номером
- обмен с авторизованными банками (включая обмен файлов в определенном формате, утверждается банками и самим 1С, как импортозаместителем и вообще "а кем еще")
- учет затрат в разрезе госконтрактов
- ведение кооперации и отчетность по ней головному исполнителю (по веткам кооперации вниз)
Почитайте спецификацию отдельного бесплатного (для 1Сников) решения 1С:275ФЗ
http://1c.ru/news/info.jsp?id=20342
Это только казначейский кусок
Это можно интегрировать или повторять в АХ, в ассортименте
Учет себестоимости в АХ в этом плане почти готов "из коробки" - заводится новая аналитика (не мешаем партионному учету) "Проект\Контракт" и на нее все собирается
Так же нужно помнить о фичах в 3мл лимит безкоопрерационных трат на невыделенные счета, ограничения в мин. партиях поставки запасов при их оплате на выделенные счета только в пределах калькуляции....
Там много пока законодательных дыр, которые утрясаются на бумаге и практике, в автоматизации готовое ТЗ, если брать за основу закон, порвет мозг разрабам и самой системе.