Перед созданием отпуска уберите праздничный день в 7дневном календаре в этот день (поменяйте тип на "рабочий день"), после создания отпуска верните обратно (если такие отпуска бывают нечасто)
А так в надо доработку делать, чтобы не учитывались для данного типа отпуска праздничные дни, в принципе несложная доработка - на форму "виды отпусков" галочку и в коде при создании приказов и при создании отпусков дополнительную проверку на эту галочку.