Добавлю, что существует очень удобная powershell библиотека для администрирования виртуалок с D365FO -
d365fo.tools. Помимо всего прочего, там есть и добавление пользователей.
Кстати - не очень понятно, что вы имеете в виду под "многоуровневым" окружением.