[Ivanhoe]

Мне так представляется, что перенос слоя - частный случай переноса проектами, просто вместо создания проекта со всеми изменениями на слое переносится готовый файл.

Переносить так или иначе для себя всегда выбирал исходя из регламента разработки и специфики бизнеса.

Если вести "релизы", т.е. напрограммировали, оттестировали, перенесли - то слой.
Если же разработка и тестирование идут параллельно и / или по нескольким несмежным областям - то проекты.

У каждого регламента есть свои плюсы и минусы, зависит от ресурсов: как исполнителей, так и выделенного на проект времени. Аккуратность же нужна и там, и там.