Вы все еще мыслите категориями 1С....Скоро вас будет волновать не дерево товаров, а закрытие склада
Чтобы не переписывать систему, на мой взгляд, как раз от деревьев и придется отказаться, так как древовидные справочники в акзапте возможны, но в стандартной версии их практически нет.
Перемещение товара - формулировка действительно странная, не имеется ли в виду "генерация" перемещений по юрлицам в "российском холдинге"?
Документы друг к другу привязываются. Последовательность их формирования задается. Это не совсем то, что в 1С, но эффект такой же.
Фильтры возможны.
Текстовые документы можно зацепить через т.н. "документооборот".
А все-таки, если бы Вы рассказали, какие задачи стоят перед системой, и в какой отрасли предстоит работать, наверное было бы легче понять, какие у Вас будут проблемы. То, что Вы перечислили - это мелкие технические детали, связанные с дизайном интерфейса, не более того.
ПРОБЛЕМЫ в Акзапте глубже и масшабнее