Хмм. А что именно не получается? Вроде попробовал только что - создалось нормально 2 проводки с разными фин.аналитиками, соответствующими сайтам.
Вы уверены, что вы активировали линк складской аналитики и фин.аналитики?
Вот картинки
InventTrans с сайта на сайт, с разными фин.аналитиками на закладке аналитик
LedgerTrans с 4мя проводками с разными фин.аналитиками (счета не русские, из демо-данных АХ)
Или что-то не то?