После долгих мытарств нашел способ остановки сервера на W2k3:
Остановка -
WMIC PATH Process WHERE (Name="ax32serv.exe" AND CommandLine LIKE '%ax32serv%Axapta%') CALL Terminate
сервер имеет название Axapta
Старт
%Path_Server_Ax%\ax32serv.exe "Axapta"
С учетом того, что AOS запускается как сервис, прибивание его через WMI равносильно обычному net stop "Service Name" за исключением того, что тут мы вроде как не знаем название сервиса. Это то, что называется "жесткий" останов AOS. Вопрос о "мягком" останове/перезапуске обсуждался тут: Программный перезапуск AOS