В версии 4.0 SP3 в кредит-ноте есть вкладка НДС там можно поставить галки включить в НДС Книгу Покупок. Честно говоря не копал и не пробовал, но думаю не лишним будет заинтересованным людям посмотреть.
Посмотрела, проверила, точно работает...
Поставишь галку перед учетом и попадает из кредит-ноты продажи в кредит-ноту покупки....
Спасибо!