Снимайте каждый вечер остатки, грузите их в новую компанию и не трогайте её. Допустим, у вас получилось 7 компаний, а при получении извещения, переходите в нужную и добиваете документы за неделю
Либо просто храните выгруженные остатки и потом их в 1 правильную компанию добивайте.