если кому интересно, нашел таки, все оказалось просто
QueryRun диалога наследовал от SysQueryRun
и инициализировал его
X++:
queryRun.promptLoadLastUsedQuery(false);
queryRun.promptAllowSave(false);
queryRun.promptShowSorting(false);
queryRun.promptSaveQueryPrUser(false);
queryRun.promptAllowAddDataSource(false);
queryRun.promptAllowAddRange(QueryAllowAdd::NoFields);
Результат на форме SySQueryForm для пользователя остались доступны только настроенные фильтры. Что и хотелось.