Если уже подана отчетность - удалять книгу конечно не вариант
Тут путь только один - сторно проводок, выписка нормальных.. Если хочется сделать отмену НДС - задним числом этого делать нельзя.. а стандартный функционал именно это и делает - делает сторнирующие проводки датой бработки НДС, помечает и те и другие как сторнированные и они не попадают больше в книгу, (это ежели ее переформировать) - поэтому без программирования тут никак - надо переписывать сторно - чтобы делалось датой отмены, чтобы сторнированные записи продолжали восприниматься системой.. и чтобы система при этом не ругалась что книга уже закрыта..