[sukhanchik]

Всё зависит от того, что хочется получать от системы.
1. Хочется по каждой компании вести бухучет => нужны разные компании
2. В каждой компании должны быть свои права доступа => нужны разные компании
3. Хочется считать себестоимость / вести отчетность по холдингу / права могут быть едины в разных компаниях => компания должна быть одна и нужно настраивать центры затрат

Хочется и п.1,2 и п.3 - надо дорабатывать. И тут встает вопрос - что лучше - дорабатывать заказы на покупку / продажу и оставлять стандартными внутренние операции (переносы, инвентаризации и т.д.) и тогда - делать разные компании. Либо оставлять стандартными заказы на покупку / продажу и делать искусственные межфирменные документы с трансфертными ценами, внутренними накладными и т.д. Я уж не говорю о том, что придется дублировать информацию в складских проводках, чтобы система считала в двух режимах. Если нет расчета складской себестоимости - то тут все проще - все делается через финансовые аналитики.
В моей практике случалось больше так, что использование внутрихолдинговых операций было более сложно, нежели использование центров затрат. Более сложно = больше доработок, больше объем данных (следовательно сложнее поддерживать производительность), сложнее выборки и сложнее строить отчеты.
В Вашем случае нужно узнать у заказчика - чего они получают от режима разных компаний, чего не могут получить через центры затрат. После чего - взвесить все аргументы и принять решение.