ну вот ,кажется, пошли конкретные вопросы. конструктивно
во первых лучше сразу разберись с терминологией. Нет конфы, есть система слоев (sys, ... dis, .. var, и уже наконец usr). Ищи на этом форуме по ключу "слой".
чего не устраивает - допишешь, перепишешь, хоть с нуля хоть с единицы.
Вот когда придет понимание того, что то, что "не нравится" есть (часто , но не всегда) единственно верное решение, смело можешь удалять свой usr-слой. Если к этому времени не превратишь свою инсталяцию Axapta в 1С.
