Для корректности толкования:
"У кого 100%" читать как "у какого физического диска загрузка 100%"
Ждём результатов.... Конечно, слабо верится, что подобными мерами можно поднять производительнось более чем в 2 раза, но....
Скорее всего дело в "плохих" запросах - т.е. надо их искать и думать, какие индексы добавлять. В идеале, в запросах не должно быть у подчинённых таблиц FULL SCAN, а индексы должны обладать высокой селективностью. Тогда всё должно ЛЕТАТЬ