Мы как-то далеко ушли от темы
Из собственного опыта: раньше тоже заставляли пользователей самостоятельно отсторнировать неправильные документы. Где-то месяц плакали, жаловались. Иногда мне пришлось сам делать это за другими (когда был слишком много ошибок и они не успели все переделывать). Но потом привыкали... и привыкли. Хотя, сложно сказать, любят пользователи такой порядок или нет.
Если уж использовать программисткое решение для этой задачи, то я бы написал джобик, который автоматически создает сторнирующий складской журнал. В 3-ке, по-моему, этой функции нет, но написать ее не сложно. Зато не сломать логику системы. Можно весить джобик на кнопку и научить пользователей ее использовать.