Ну batchjobhistory это не особо нагруженная табличка. Из последних примеров - это проект аудита производительности и InventSum на 70млн записей большинство из которых закрыто и работающая 24*7 система.
Ну т.е. альтернатива это то что написал mazzy, останавливать систему, переливать данные. Но на практике такое довольно сложно сделать.
С описанным подходом удаляло где-то полдня, нагрузку особо не давало и ничего не блокировало.
Ну и получилось продолжить проект, решая уже другие проблемы
