Здесь, вообще-то, не столько в Axapta дело, сколько вообще в проблеме объединения двух первичных ключей.
Работает функция везде, где есть связь между таблицами (то есть связь построена через EDT или через Relation).
Если во время переименования у Вас возникнет дубликат индекса (в случае, когда внешний ключ входит в уникальный индекс), возникнет runtime error и ttsabort.
Не то, чтобы совсем не документирована: KERNDOC://Classes/xRecord/merge
Или, например, здесь:
http://technet.navision.com/workspac...tribId=4&wso=1