Была тема на форуме, где обсуждалась компиляция cil.
SysOperationFramework
В частности обсуждали, что разбиением на netmodule скомпилированного кода рулит сама аксапта, а точнее код sys слоя написанный на x++
Я сам не исследовал вопрос, но если я все правильно понял, то можно (давно хочу сам попробовать, но руки не доходят) попробовать модифицировать глобальную cil компиляцию, чтобы она просто не компиляла целые куски кода.
Если повезет, то благодаря префиксам в названиях, это можно будет сделать не так тяжело.