[Pustik]

Не совсем ответ на Ваш вопрос, но с подобной проблемой, если так можно выразиться, мы столкнулись когда переводили некоторые номенклатуры на учет по ГТД и по Партиям, при этом расчет себестоимости остался в разрезе склада при средней модели. До этого эти номенклатуры учитывались только в разрезе склада. Оборотные ведомости на остатках стали показывать голые суммы без количества по этим номенклатурам в разрезе этих аналитик. Причем как положительные, так и отрицательные. В разрезе склада все было хорошо. Возможно не правильно был осуществлен механизм перевода. Скорее всего просто галку поставили в настройках и все, и скорее всего до пересчетов и закрытия склада. Возможно, правильно было бы, перед переходом после закрытия склада журналами переноса раскидать нужное количество по аналитикам. А может быть, сделать полное списание и нужное оприходование(инвентаризацию) через какой-нибудь "транзитный" счет. Просто о последствиях тогда видимо никто не догадывался. Уверен, что если сейчас включить финансовый учет по этим аналитикам встанет таже проблема.
Думаю, что стандартные средства тут не помогут. Образно говоря, Вам нужно перетаскивать зависшую без количества Сумму на Склады с количеством(возможно суммы будут и отрицательные). А вот как это сделать правильно думаю ответить сложно и здесь есть индивидуально-частный момент. Не так давно нам пришлось заниматься чем-то подобным. Но это не было связано конкретно с этой темой. Беда пришла к нам "изнутри". Неопытными женскими руками был залит проект, который затронул класс InventUpd_Financial. И вирус стал плодить некорректные проводки. Пересчеты, начавшиеся на следующий день, как выяснилось позже, ситуацию усугубили. Когда это заметили, в проводках уже было весело, особенно в переносах. Одной из проблем были зависшие суммы без количества на складе.
Некоторые номенклатуры мы "закрывали" руками: через корректировку проводок снимали сумму со склада без количества и пропорционально раскидывали на склады с количеством, после чего закрывали соответствующие проводки. Поскольку все руками не сделаешь, использовали кодом созданные журналы переноса с суммами "без количества" и "насильственно" их разносили. Где-то джобом создавали сразу проводки: расходную на склад без количества (чтобы закрыть сумму) и зеркально приходную на склад(ы) с количеством. Вобщем веселые танцы с бубном. В любом случаю, все индивидуально и нужно проверять. А проверку закреплять пересчетом по номенклатуре и желательно небольшим тестом на "приход - списание" после этого.