апгрейд портала

[player]

В ascx разметка HTML, в cs - c# "code-behind". Их цель через .Net Business Connector подергать существующую бизнес-логику. О слоях речи не идет - вся разработка ("накостомизация для веб-портала") в Visual Studio, и соответственно система контроля версий на Ваш вкус с ней (студией) совместимая. Но результат разработки помещается в "AOT->Web->Web Files->Web Controls" и тут уже слои аксапты работают стандартно. На какой слой попадёт кастомизация зависит от настройки Business Connector в процессе разработки.
Начальный годный блог для вхождения _http://blogs.msdn.com/solutions/about.aspx и далее по ссылкам, или курс Enterprise Portal Development.

P.S. Еще одна ссылка на хороший блог по порталу, и к вопросу о правах, требуемых для обновления
_http://blogs.msdn.com/b/axsupport/archive/2011/05/31/permissions-needed-to-run-axupdateportal-exe.aspx