При компиляции не видит подключённых dll через references

[gl00mie]

.NET-сборка - это в общем случае кусок исполняемого кода. Очевидно, что кусок исполняемого кода должен располагаться там, где он исполняется (если не рассматривать вариант запуска с сетевой шары). Поэтому если у вас есть серверный код, использующий сборку, то достаточно зарегистрировать ее в GAC на всех хостах AOS'ов, если же сборку использует клиентский код, то она должна быть доступна на всех хостах, где запускается клиент Аксапты.
GAC - это сугубо локальный ресурс, к которому имеют доступ только локально выполняющиеся приложения. Чтобы сборка, зарегистрированная в GAC, была доступна на компе "сотрудника", она и зарегистрирована должна быть на компе "сотрудника", а не только на хосте AOS'а, где вы запускаете компиляцию кода.

[offenmeier]

в любом случае, когда я компилирую на сервере код, и он не компилируется из-за какого-то компонента из DLL, и я уверен, что все нужные DLL либо в bin сервера, либо в bin клиента, либо в assembly папке на сервере, а ещё лучше везде где только можно, то я поступаю так:

- остановить АОС
- убить AOI (если 2009 аксапта или более ранняя. если 2012, стереть всю папку с XppIL)
- запустить АОС
- полная компиляция (и CIL, если 2012)

если всё равно не видит, перезапустить сервер.

никогда не было такого, чтобы DLL лежали на своих местах, а перезагрузка сервера не исправила проблему.