Как скорректировать себестоимость в складских проводках, чтобы она была похожа на себестоимость после закрытия склада

[Logger]

Не уверен что вы двигаетесь по правильному пути.
Для начала хотелось бы понять почему у вас так странно повел себя пересчет себестоимости.
Обычно он дает тот же результат, что и закрытие склада.

Может у вас кастомизации закрытия были ?

См.
\Classes\InventCostItemDim\updateTransIdReceipt
\Classes\InventCostItemDim\updateTransIdReturnReceipt

А вот здесь отличия закрытия от пересчета.
\Classes\InventCostItemDim\createAdjustSettlement
\Classes\InventCostItemDim\createAdjustSettlementRecalc
Но они обычно приводили к одинаковому результату.