Галина - спасибо за поддержку .
В случае применения оплаты к счету реализуется не так сложно по крайней мере понятен алгоритм, ломаю голову над примененим кредит-нот к счету.
Я бы посоветовала посмотреть как оплаченный НДС формируется. И этот алгоритм попытаться использовать.