Проблемы только будут, если в одном акте несколько строк с одинаковым товаром списываются по разной стоимости. Т.к. нет связи конкретной строки документа с учтенной операцией.
Разве?
В строке документа есть ссылка на товарную операцию, и операции стоимости тоже привязаны к товарной операции....