Накладные расходы отдельной строкой

[komar]

Почитайте английскую документацию. И если понятия "markup' или miscellaneous charges" покажутся Вам синонимом понятия "накладные расходы", то позвольте с Вами не согласиться. Это именно наценки или дополнительные платежи. А вот как Вы будете организовывать при помощи их учет именно накладных расходов (в случае закупок, с регистрацией счета поставщика и последующим распределением в стоимость товара; в случае продаж - с регистрацией собственных затрат) - вот это вопрос.
Не сделаете Вы это красиво и понятно, и еще чтобы задолженность всех конрагентов и проводки по правилам были, и чтобы себестоимость правильно считалась, и чтобы прозрачно это было. Что-либо одно из этого списка сделать можно, все сразу - не сделать.