различные бух счета по одной номенклатуре

[Valery]

Цитата:

Изначально опубликовано Soula
придется фактически дублировать все существующие склады

Ну и что ...

Цитата:

Изначально опубликовано Soula
Товар один и тот же, хранится в одной куче - так как абсолютно одинаковый.

Стандартное средство аксапты для таких ситуаций - складская аналитика. Для разделения товаров для основного и неосновного пр-ва используйте либо существующую аналитику (напр. ячейки), либо создайте новую. Единственное, вам придется расширить свою модификацию по разноске - включить туда эту аналитику.
Если вы не будете использовать складскую аналитику - сразу же возникнет дисбаланс ГК и склада.