Периодические операции в Главной книге

[Чиж]

Наличие пальчиков пользователей проверяли в закрытом периоде?
Период заблокировали на ввод данных в закрытый период?
Наличие неоткорреспондированных операций/их отсутствие проверяли?

Вот сначало проверьте, а потом грешите на Аксапту, закрытие данных делали аж с 1999 года, проблем не было.

Касательно сальдо на начало и конец отчета:
"Сальдо изменяется в зависимости от того какой период выбрать в отчете "Анализ счета" Если дата переноса сальдо попадает внутрь диапазона отчета, то сальдо показывает правильно, если обе даты отчета более даты переноса сальдо, то показывает фигню"

А что вы сосбственно хотели, при смене даты получать одно и тоже сальдо? Почитайте теорию бух учета.
Система работает абсолютно правильно.