Они и так у вас не будут совпадать у вас по InventSettlement-у пройдут суммы с одним знаком, а по ГК с другим. Покрайней мере вы так хотите.
Может подумать чтоб через общий журнал внести суммы которые вам нужны, а галку всё же снять.
Для этого и предлогается завести галочку Сторно в inventSettlement. Если этого не сделать, и вправду не будет совпадать. Получиться как у локализаторов