У вас случайно FileUpload находится не внутри UpdatePanel? С такой комбинацией связаны некоторые баги, которые достаточно широко освещены в интернете. Самым простым решением является использование тригера на PostBack. Можно почитать, например,
тут.
Не проверял, но применительно к Ах
пример.