Да, если указываете проект в строке заказа на соответствующей закладке, то создается проводка расхода номенклатуры на счет из настройки разноски в модуле проекты.
Настройки счета есть в типах Cost - Item и Cost. Система по прежнему генерирует один и тот же ваучер. Не зависимо от того был ли указан проект или нет